Алеутская миссия продолжала свою деятельность. С 1816 по 1820 г. появились новые церкви на о. Ситхе, а также на Уналашке и Атхе. При уналашкинской церкви начал в 1823 г. свою миссионерскую деятельность, переведенный туда из Иркутска, священник Иоанн Вениаминов. Неудачны были попытки проповеди со стороны Библейского общества, переводы которого оказались слабыми, и со стороны британской миссии, встретившей противодействие лам и православного духовенства. Деятельность ее прекратилась в 1841 г. Обе эти организации действовали в Сибири; последняя избрала местом своим Забайкалье. Особенно оживилась миссионерская деятельность в Сибири с созданием новых миссий в царствование имп. Николая I.
В Западной Сибири первая правильно организованная миссия открыта была в 1828 г. по почину тобольского архиепископа Евгения (Казанцева), правившего с 1825 по 1831 г. Во главе миссии был поставлен архимандрит Макарий (Глухарев), бывший ректор костромской семинарии, весьма верующий и беззаветно преданный просветительной работе. Местом миссии был избран Алтай, страна еще не початая христианством. Населен был Алтай татарами, калмыками и др. дикими инородцами, большею частью язычниками. Макарий явился туда в 1830 г. и основался в Улале, но отсюда каждогодно делал, не зная устали, разъезды по всей стране. Быстро ознакомившись с алтайским наречием татарского языка, он составил его словарь и много необходимых для просвещения инородцев переводов. Сердечный и любящий, он был для своих духовных чад и учителем, и врачем и воспитателем детей, и ходатаем пред властями, и общим благодетелем. Оклад миссии был небольшой, но он сумел найти для нее богатых жертвователей в Тобольске и Москве, и все денежные средства свои, даже полагавшийся ему особый магистерский (ученый) оклад употреблял на вспомоществование новым христианам. В 14 лет им приобретено было для Церкви 675 душ, устроено три миссионерских стана с 2 церквами и 1 часовней. В деле миссии Макарий более всего рассчитывал на могущественное действие православного богослужения. Им устроены были также улалинское училище, женская благотворительная община, больница и созданы для новообращенных несколько оседлых поселений. В 1844 г., по совершенному расстройству здоровья, он удалился в Болховский мон. на покой, успевши дать устройством своей миссии прекрасный образец для других миссий. Скончался арх. Макарий в 1850 г. (Знаменский).
Дело его было успешно продолжено его сотрудником и преемником, прот. Стефаном Ландышевым, окончившим нижегородскую семинарию, и последующими начальниками миссии, в особенности архим. Владимиром (Петровым), одним из выдающихся русских миссионеров (1828-1897). Сын простого донского казака, он окончил Киевскую дух. академию, приняв на четвертом курсе монашество. Был инспектором иркутской и новой томской семинарий, а затем инспектором Петербургской Академии, где, в сане архимандрита, читал лекции по догматическому богословию. В это время он принимал живое участие в учреждении в Петербурге миссионерского общества для содействия миссиям алтайской и забайкальской. В 1865 г. архим. Владимир был назначен начальником алтайской миссии и строителем Благовещенского мон. в алтайских горах, учрежденного в 1864 г. Кузнецкий и бийский округа, в которых работала миссия, занимали пространство верст 1000 в длину и от 300 до 700 в ширину. Населения было всего 40000, из них две трети кочевников. "Здесь на Алтае", писал арх. Владимир, "с трудом пробираясь, верхом на коне, ища заблудших овец стада Божия, миссионер в течение целых суток, и то не всегда, может встретить едва несколько душ, со своими одиночными юртами запрятавшихся то в глубине лесной, то на удаленном от проезжей тропы нагорном скате". Только окраины миссии граничили с русским населением, да и то, большей частью, раскольничьим. Приходские церкви находились в большом отдалении. Вследствие этого на миссионере лежало попечение не только об обращении язычников, но и об исполнении обязанностей приходского священника для новообращенных. В почти пустынной местности, среди дикой природы, при полном бездорожье, арх. Владимир верхом на коне объезжал инородческие кочевья и нес язычникам проповедь о Христе. Он не щадил себя — мерз, тонул, голодал, нередко питаясь при своих поездках одними кореньями и травами. Миссионерство его было глубоко-внутренним, искренним. За 18 лет служения миссии арх. Владимир открыл более 10 начальных школ, при чем число учеников упятерилось. Основал он в Улале центральное миссионерское училище, с обучением иконописанию, переплетному мастерству и сельскому хозяйству. Переводил он и всячески содействовал переводам на алтайский язык церковных и религиозно-нравственных книг. При нем построено 28 церквей и молитвенных домов, устроены свечной завод и типография, а также миссионерская больница и аптека. Основал он 19 новокрещенских селений, в которых устанавливалась оседлая жизнь.
В 1880 г. арх. Владимир был хиротонисан в епископа бийскаго, викария томской епархии, с оставлением начальником миссии. Он переселился в Бийск. В 1883 г. он был назначен епископом томским и там продолжал свою просветительную деятельность. Занимая потом кафедры ставропольскую и нижегородскую, он в 1897 г. скончался будучи архиепископом казанским. Всюду он развивал большую работу. В Ставрополе им был организован миссионерский стан среди калмыков и выстроены для новообращенных храм, школы и избы для оседлого жития. В Казани, развивая деятельность существовавших миссионерских учреждений, он посещал инородческие селения.
К 1895 г. алтайская миссия имела 14 станов, до 47 церквей и молитвенных домов, 2 монастыря, приходское попечительство и многие благотворительные учреждения. Около своих станов миссия посадила на оседлое жительство более 10000 кочевников. В дальнейшем огромную деятельность развил начальник мио сии архим. Макарий (Невский), называвшийся "апостолом Алтая", бывший затем архиеп. томским и митрополитом московским.. Победоносцев, упоминая в краткой записке, составленной в 1892 г. для Наследника Цесаревича Николая Александровича, предпринимавшего поездку в Японию и Сибирь, об еп. японском Николае и архим. Макарии (Глухареве), писал: "Нынешний Макарий (Невский) — достойный их последователь. Прилагаю несколько книжек — отчеты миссии: — стоит Вашему Высочеству пробежать их. Вы увидите, как идет это дело и каких требует самоотверженных трудов..."
В 1882 г. из Алтайской миссии была выделена новая миссия Киргизская, с центром в Семипалатинске. В царствование имп. Николая I возникли также миссии: Обдорская (1832), Кондинкая (1844), Туруханская (1850), закрытая в 1872 г. В царствование имп. Александра II возникли миссии: Сургутская (1867), в Минусинском. округе (1876), входившем в южную часть Енисейской епархии, Семиреченская (1868), сосредоточенная около миссионерского братства в г. Верном (с 1871 г. миссия числилась в Туркестанской епархии).
Миссии в Восточной Сибири строились на началах, принятых алтайской. Из архиереев, ревнителей миссионерства, в XIX в. известны иркутские архиереи: Михаил (Бурдуков), правивший с 1814 по 1830 и положивший начало Забайкальской миссии для бурят. Членами ее были знатоки бурятского языка: священник Александр Бобровников и крещеный бурят Мих. Сперанский. Нил (Исакавич), епископ, потом архиепископ (1799-1874), правивший иркутской епархией с 1838 по 1853 г., потом ярославской. При нем крестилось до 20000 бурят и др. инородцев. Он был одним из первых русских исследователей буддизма, переводил богослужебные книги на монголо-бурятский язык, в чем ему помогал в Иркутске и в Ярославле прот. Николай Доржеев из бурят. Владыка Нил написал труд "О буддизме". Особенно много работал владыка Парфений (Попов), переведенный из Томской епархии, в которой принимал большое участие в делах алтайской миссии. Правя иркутской епархией с 1860 по 1873 г., он первый открыл в ней правильно организованные миссии Иркутскую и Забайкальскую. В первой он устроил II станов, для которых нашел нужных работников частью в Сибири, частью в великорусских монастырях. Он и сам много миссионерствовал, лично разъезжая по бурятским кочевьям с проповедью. Инородцы любили его и считали за особенную честь принять крещение из его именно рук. При нем крещено было до 8000 бурят. С 1867 г. он начал вводить богослужение на бурятском языке во всех бурятских приходах. После него во главе иркутской миссии был поставлен особый начальник-архимандрит, а с 1883 г. иркутский викарий, еп. киренский. К 1890 г. миссия имела уже 18 станов, а обращенных ею насчитывалось до 35000 душ. Миссия имела 1-4 школ и несколько благотворительных учреждений и оказывала сильное влияние на гражданский быт новообращенных, испрашивая им земельные наделы и расселяя их оседлыми селениями.
На таких же началах и с такими же приемами действовала миссия Забайкальская, во главе которой с самого начала (1862) был поставлен еп. селенгинский Вениамин (Благонравов). Сын священника тамбовской епархии, владыка Вениамин (1825-1892), окончил Казанскую дух. академию и отличался способностями, любовью к наукам и редким исполнением долга. Все это выявилось и в его последующей жизни. Монашество он принял на последнем курсе академии, которую окончил первым магистром и остался в ней профессором. Был он ректором томской и костромской семинарий и в 1862 г. хиротонисан во епископа селенгинского. С этого времени началась его благотворная миссионерская деятельность в восточной Сибири, доставившая ему высокое историческое значение К 1890 г. число станов этой миссии возросло до 22 с 25 школами. При Посольском мон. открыто было центральное миссионерское училище, мастерская иконописи, богадельня, аптека. Но обращений в Забайкальской области было меньше, вследствие особенной силы ламства и противодействия христианству бурятских языческих начальников. Наибольшее число обращений падало не на бурятский народ, а на племена тунгузов, якутов и карагазов. Миссия постоянно старалась о том, чтобы в управление степных дум были вводимы и крестившиеся буряты и чтобы ограничена была сила лам, но не имела в этом отношении успеха. Владыка Вениамин в 1868 г. был назначен епископом камчатским, переведен в 1873 г. в Иркутск и скончался там архиепископом в 1892 г. Его отчеты о деятельности сибирских миссий за время его архипасторства представляют драгоценный исторический материал и обстоятельно знакомят с вопросом о ламизме, им и возбужденном. Отчеты эти, печатавшиеся в "Иркутских Епархиальных Ведомостях" и в некоторых духовных журналах, изданы в 1883-86 гг. под названием "Труды православных миссий восточной Сибири". Писал он и о буддизме. 
В Камчатском крае в 1840 г. была открыта особая епархия, первым епископом которой был назначен владыка Иннокентий (Попов-Вениаминов), выдающийся и исключительно самоотверженный миссионер. Учеником и сподвижником владыки Иннокентия был владыка Дионисий (Хитров). Миссионерское служение он начал в 1844 г. священником походной церкви в Якутской области, тотчас по окончании семинарии. С этой церковью он совершил, в течение 10 лет, трудное миссионерское путешествие в 9130 верст по Верхнему, Среднему и Нижнему Колыму, для просвещения светом учения Христова инородческих племен, обитающих на пространстве от р. Индигирки до Анадыри, причем миссионеру приходилось ездить в страшные морозы на собаках и оленях и ходить пешком по глубоким снегам, горам и стремнинам, постоянно подвергая опасности жизнь свою. Особенно опасно было ездить во время свирепствующих на севере Сибири снежных буранов. Плодом этих странствований было обращение ко Христу тысяч инородцев. В то же время самоотверженный миссионер деятельно изучал нравы, обычаи и разные наречия якутских инородцев. Приняв монашество, он был возведен в 1867 г. в сан епископа якутского, викария камчатской епархии. По открытии же в Якутске кафедры, он возглавил ее. Будучи епископом, владыка Дионисий многократно предпринимал миссионерские путешествия по своей необъятной епархии. В 1883 г. он был перемещен в Уфу, в которой и скончался в 1896 г. Памятником его миссионерских трудов, наравне с многочисленными обращениями, остались составленные и изданные им азбука и грамматика якутского языка, а также исполненные им переводы на тот же язык священных, богослужебных и духовно-нравственных книг. Эти переводы были напечатаны, по благословению Св. Синода, в московской синодальной типографии под наблюдением самого еп. Дионисия, тогда еще не хиротонисанного (1857-1859).