Начало христианства на территории Чехии, Моравии и Словакии восходит к первой половине IХ в., когда на эти земли пришли проповедники из Греции, Валахии и Германии. Успеху проповеди препятствовало то, что миссионеры действовали разрозненно и совершали богослужение не на славянском языке, а по-гречески и на латыни. К тому же немецкая миссия угрожала независимости Моравского государства. Поэтому в 862 г. святой Ростислав, князь Моравский (846-870) после совета со своими вельможами (жупанами) и народом отправил посольство к византийскому императору Михаилу III с просьбой прислать в Моравию такого проповедника, который бы учил народ на родном языке. По совету святителя Фотия, патриарха Константинопольского для этого дела были избраны ученые братья Кирилл (Константин) и Мефодий. В 863 г. святые братья прибыли в Моравию. Их миссионерская деятельность простиралась на территорию современных Чехии и Словакии. Ими была создана славянская азбука, переведены на славянский язык Священное Писание, богослужебные и канонические книги Восточной Церкви. Все это способствовало массовому крещению народа. Своих учеников, подготовленных к священнической хиротонии, святые братья планировали отправить для посвящения в Константинополь. Однако политическая нестабильность в Византийской империи не позволила им получить оттуда своевременную поддержку.

Кирилл и Мефодий

Активная миссионерская деятельность славянских просветителей вызвала противодействие со стороны немецкого клира, поддерживаемого частью местных феодалов. Святые братья были обвинены в ереси. В 867 г. Константин и Мефодий отправились в Рим. Здесь они были торжественно встречены папой Адрианом II (867-872). Братья привезли с собой мощи святого Климента Римского, которые были положены в Риме в храме, построенном в честь этого святителя. 14 февраля 869 г. в Риме скончался Константин, который был похоронен в базилике святого Климента. Перед смертью он принял монашеский постриг с именем Кирилл. Св. Мефодий и славянские ученики св. Кирилла были рукоположены в священные степени папой Адрианом и отправлены в Паннонию по просьбе местного князя Коцела Блатенского. Вскоре по просьбе того же князя св. Мефодий был поставлен во епископа Паннонского. Паннония была изъята из власти баварских епископов латинского обряда и напрямую подчинена Риму. Это вызвало недовольство немецкого клира и феодалов, которые, взяв Мефодия под стражу, заключили его в темницу в Швабии. Святитель вышел на свободу лишь через два с половиной года. После этого св. Мефодий вновь был отправлен в Моравию папой Иоанном VIII. Здесь у власти находился князь Святополк, племянник св. Ростислава, свергнувший своего дядю с престола. Св. Ростислав был ослеплен и посажен немецкими князьями в тюрьму, где и скончался. Однако вскоре Святополк порвал с немцами и стал поддерживать славянское богослужение. При его покровительстве св. Мефодий продолжил миссионерские труды своего брата. Святой много путешествовал по Велокоморавской державе, крестил народ и ставил священников из славян. Так, например, около 874 г. им были крещены князь чехов Боривой, его жена Людмила и двое их сыновей. Мефодий провел в Чехии около года, освятив здесь первые христианские храмы и поставив для чехов несколько священников. 6 апреля 885 г. свт. Мефодий скончался. Его славянские ученики были изгнаны из Великой Моравии. Свв. Климент, Наум и Ангелар ушли на юг в Македонию, Болгарию и Сербию; Св Савва в пределы современного Закарпатья, а св. Горазд в Западную Русь. Славянское богослужение сохранялось в Чехии до начала ХII в., а в Восточной Словакии не прерывалось вплоть до настоящего времени.

Память о миссии свв. Кирилла и Мефодия не была уничтожена, и в Чешских землях всегда оставалось стремление к возрождению славянского богослужения. Так в 1346 г. моравский граф (в последствии чешский король и император Священной Римской империи) Карл IV обратился к римскому папе Клименту IX с просьбой о позволении совершать в разных местах Чешского королевства славянское богослужение. Папа высказался против этой идеи, но, исходя из конкретной ситуации и благодаря личной дружбе с Карлом, дал согласие на открытие в Праге Емаусского монастыря, в который были поселены монахи из Хорватии, подчинявшиеся Римскому престолу и совершавшие богослужение на славянском языке. Монастырь был открыт в 1347 г. и получил название "На Слованех". Он играл особую роль в духовной жизни чехов в ХIV-ХV вв.

Ян Гус

Стремление к возрождению славянского богослужения привело в начале ХV в. к гуситским войнам. После казни Яна Гуса в Констанце в 1415 г., Чехия вышла из повиновения Римской Церкви и стала первой некатолической страной Западной Европы. Известно, что гуситы искали союза с Восточной Церковью. В 1451 –1453 гг. в Константинополе велись переговоры о возможности воссоединения чешских "утраквистов" (или "подобоев", т.е. гуситов, ратовавших за причащение под обоими видами) с Православной Церковью. В 1451 г. Константинополь посетил некий "благочестивый иерей" Константин Ангелик, представивший от лица чехов "Книгу веры". Исповедание гуситов было признано вполне православным, и Константинополь обещал прислать в Чехию православное духовенство. Завоевание Константинополя турками в 1453 г. прервало начатые переговоры. Гуситское же движение стало после этого развиваться в сторону радикального разрыва с церковной традицией и в XVI в. вошло в союз с немецкими протестантами. 
В XVI в. чешские земли были подчинены Габсбургами. В 1609 г. император Рудольф II издал "Грамоту Величества", гарантирующую чешским протестантам свободу совершения богослужения. Но взошедший на престол в 1612 г. его брат Матвей эту грамоту отменил, что привело к восстанию в Чехии. В 1620 г. состоялось кровопролитное сражение между чешскими войсками и армией католической лиги у Белой Горы под Прагой. Чехи потерпели сокрушительное поражение. После этого полным ходом начался процесс католизации Чешских земель. 30 тыс. чешских семей вынуждены были покинуть родину. Чехия была лишена политической самостоятельности и превращена в австрийскую провинцию Богемия. 
Несколько иначе сложилась судьба словацкого народа. После распада Великоморавской державы Словакия вошла в состав Венгерского королевства. Династия Арпадов (Арпадовичей), правившая в Венгрии в 889-1301 гг., находилась в родственных связях с византийскими и русскими аристократическими родами и потому терпимо относилась к греческой и славянской богослужебным традициям. Известно, что еще в XIV в. греческих (православных) монастырей в Венгерском королевстве было больше, чем католических, что вызывало беспокойство Римского престола. В Мукачеве существовала православная епархия, в которую входило славянское население (русины и словаки) Закарпатья (Подкарпатской Руси), Восточной Словакии и Потисья. После 1453 г. эта епархия удерживала некоторое время связь с Киевской митрополией, а позднее с Молдавской и Сербской Православными Церквями. В 1308 г. к власти в Венгрии пришла Анжуйская династия, покровительствовавшая католикам, что ухудшило положение православных. 
В первой половине XVII в. в Восточной Словакии и Закарпатье предпринимаются попытки введения унии с Римом. Поначалу они были неудачными. Так в 1614 г. униатский епископ Анастасий Крупецкий был изгнан из монастыря Красный Брод. И лишь 24 апреля 1646 г. в Ужгороде 63 православных священника были насильственно присоединены к Римо-католической церкви. Документ об этой унии был оформлен лишь в 1652 г. со значительными фактическими ошибками. Так датой возникновения унии здесь назван 1649 г. Этой фальсификацией объясняется разнобой в датировке Ужгородской унии, имеющий место в церковно-исторической литературе и по сей день. Документ 1652 г. был подписан лишь 6 архидеканами (благочинными). Простой же народ, не смотря на свое формальное униатство, продолжал держаться "старой веры”. В Восточной Словакии и Закарпатье сохранились юлианский богослужебный календарь, церковнославянский язык, традиционные для этой местности церковные распевы и иконография. Славянское богослужение помогло сохранить национальную идентичность и противостоять мадьяризации вплоть до начала XX в. 
С 1699 г. вся Венгрия попала под власть Габсбургов. В XVIII в. в царствование ревностной католички Марии Терезы (1717-1780) начался процесс латинизации униатской церкви в Восточной Словакии и Закарпатье. Предпринимаются попытки введения григорианского календаря, праздника поклонения Святым Дарам, обычая совершать розарий, западного облачения для духовенства. Проводится исправление православных книг по римским образцам, демонтируются иконостасы и т.д. Толерантный патент (Акт о веротерпимости) императора Иосифа II, изданный 13 октября 1781 г., гарантировал свободу вероисповедания не только протестантам, но и православным. Однако в Венгерской части империи переход униатов в православие был обставлен практически невыполнимыми юридическими процедурами, что свело на нет действие указанного патента. 
В 1816 г. создается Прешовская греко-католическая епархия, целью которой была ликвидация остатков православия в крае и переведение в латинский обряд местных униатов. Но эти цели не были достигнуты. Лучшие представители униатского духовенства выступили защитниками местных церковных традиций. 
В революционном 1848 г. в Праге состоялся Славянский съезд, во время работы которого 4 июня сербский священник Павел Стоматович с диаконом Никанором Гружичем совершил Божественную литургию на славянском языке перед каменной скульптурой святого Вацлава (Вячеслава) на Новом Месте в Праге (территория нынешней Вацлавской площади). Во время этой Литургии возносились молитвы о духовном пробуждении славянских народов. В 1870 году после Первого Ватиканского собора группа чехов из 12 человек обратилась к петербургскому митрополиту Исидору с просьбой воссоединить их с православием. Чин присоединения был совершен в Александро-Невском соборе Санкт-Петербурга в праздник Покрова Пресвятой Богородицы в 1870 году. 
В начале 1860-х гг. пражский магистрат предложил передать Русской Православной Церкви пустующий костел святого Микулаша (Николая) на Староместской площади, ранее принадлежавший ордену славянских бенедиктинцев. В 1874 г. состоялось освящение этого храма, после чего здесь регулярно совершались православные богослужения, хотя и с некоторыми ограничениями (запрещалось вывешивать на стенах храма объявления о времени богослужения и совершать на площади крестные ходы). Наличие православного храма в центре чешской столицы способствовало знакомству с православием этнических чехов. В конце XIX – начале XX вв. были также открыты русские храмы во Франтишковых Лазнях, Карловых Варах и Марианских Лазнях. 
В 1867 г. на Волыни на льготных условиях была основана чешская земледельческая община. К началу XX в. сюда переселилось около 30 тыс. чехов, из них 27 тыс. приняли православие. В 1903 г. в Праге было создано общество "Православная беседа", включавшее в себя 27 членов. На основе этого неполитического союза планировалось создать в будущем православный приход. Австрийские власти расценивали интерес к православию как политическую неблагонадежность чреватую "панславизмом" и "русофильством", и потому каждый случай перехода в православие расследовался полицией. В 1905 г. православие приняли 104 чешских старокатолика в значительной степени благодаря Русской Православной Церкви. По переписи 1910 г. в Чехии насчитывалось 1063 православных. 
В Словакии в XIX в. также были случаи перехода в православие. Массовым этот процесс стал в среде карпатороссов, эмигрировавших в Северную Америку. Заслуга воссоединения с православной Церковью карпаторосских эмигрантов принадлежит протоиерею Алексию Товту (1853-1909). Он был профессором церковного права в греко-католической семинарии в Прешове. В 1889 г. прибыл в Америку и возглавил униатский приход в Минеаполисе. В 1891 г. вместе с приходом перешел в православие. В 1916 г. была основана Питтсбургская карпаторосская епархия, первым епископом которой стал преосвященный Стефан (Дзюбай). В 1994 г. отец Алексий Товт причислен Американской Православной Церковью к лику святых как "отец американского Православия". 
Знакомство с русским православием подталкивало и общины Восточной Словакии к возвращению к вере отцов. Одна из таких попыток была предпринята жителями Бехерова, но ее пресекла полиция. В начале XX века трудами по возрождению православия в крае прославился архимандрит Алексий ( Кабалюк, 1877-1947). В 1905 г. он выехал в Россию, затем посетил Афон, где был воссоединен с православием. В 1910 г. принял монашеский постриг и иерейскую хиротонию в Яблочинском монастыре, после чего вернулся в Закарпатье. Благодаря его деятельности в короткое время сотни людей вернулись в православие. В преддверие Первой мировой войны против православных общин сел Великие Лучки (близ Мукачева) и Иза (Хустский район) был спровоцирован Мармарош-Сигетский процесс. На скамье подсудимых оказалось 64 человека, в основном простые крестьяне. Они были обвинены в государственной измене. Процесс длился с 29 декабря 1913 г. по 3 марта 1914 г. 36 человек ,в их числе и о.Алексий, были осуждены на тюремное заключение, остальные приговорены к телесным наказаниям. Заключенные вышли на свободу только после падения Австро-Венгерской империи в 1918 г.
После начала Первой мировой войны австрийские власти начали преследование православных. Храм святого Микулаша в Праге был отнят у православной Церкви. Русский священник Николай Рыжков, служивший настоятелем храма, в 1917 г. был приговорен к смертной казни по обвинению в государственной измене. Но этот приговор не был приведен в исполнение благодаря тому, что Российское правительство согласилось обменять о.Николая на униатского митрополита Андрея (Шептицкого), попавшего в плен после взятия русской армией Львова. Получив свободу, отец Николай Рыжков выехал в Петроград, где и скончался в 1920 году. 
После окончания войны и распада империи Габсбургов в октябре 1918 г. была создана независимая Чехословацкая республика, объединившая Чешские, Моравские и Словацкие земли. В 1919 г. к ней была присоединена и Закарпатская Украина. Падение Австро-Венгрии вызвало мощное антикатолическое движение в среде чешского и словацкого народов. Реформационно настроенное католическое духовенство вышло из подчинения Ватикану с целью создать самостоятельную национальную церковь с апостольской преемственностью, народными литургическими традициями и женатым духовенством. 8 января 1920 г. было объявлено об образовании Чехословацкой Церкви, считающей себя наследницей как гуситской, так и кирилло-мефодиевской традиций. Главой церкви стал бывший католический священник доктор богословия Карл Фарский. В январе 1921 г. собор этого нового движения большинством голосов высказался за принятие православного вероучения и присоединение к Православной Церкви. После этого были начаты переговоры с Сербской Православной Церковью. Выбор Сербской Патриархии был обусловлен тем, что ее юрисдикция была еще до начала Первой мировой войны единственной официально признанной на территории Австро-Венгрии (закон от 10 августа 1868 г.). Это юридическое положение Сербской Православной Церкви было подтверждено законом Чехословацкой республики от 28 октября 1918 г. Очередной собор Чехословацкой Церкви, состоявшийся 29 августа 1921 г., выдвинул три кандидата для епископской хиротонии на открывающиеся кафедры: доктора Карла Фарского для Пражского диоцеза (епархии), Рудольфа Паржика для Восточно-Чешского диоцеза и Матея Павлика для Моравско-Силезского диоцеза. На соборе присутствовал представитель Сербской Церкви епископ Нишский Досифей, одобривший его решения. Однако была совершена епископская хиротония только одного из кандидатов - Матея Павлика (1879-1942). 21 сентября 1921 г. он принял монашеский постриг в Лавре Крушедол с именем Горазда (в честь ученика святого равноапостольного Мефодия, уроженца Моравии), а 25 сентября в Белграде рукоположен во епископа Сербским Патриархом Димитрием. 
После возвращения на родину владыка Горазд столкнулся с оппозицией со стороны Карла Фарского, возглавившего радикальное крыло Чехословацкой Церкви. Если святитель Горазд выступал за православную ориентацию чехословацкого религиозного движения, то доктор Карл Фарский стремился к рационалистическому пересмотру традиционного христианского вероучения и церковной организации. Последнего поддерживал президент республики Томаш Масарик. Спор между этими двумя течениями разгорелся в 1922 г., когда во время поездки епископа Горазда в Америку Карл Фарский издал "Катехизис", написанный им вместе с Ф.Калоусом. Эта книга, проникнутая радикальными протестантскими идеями, была одобрена Пражским диоцезом Чехословацкой Церкви, что привело к разрыву с Сербской Православной Церковью. После этого Фарский вел переговоры о его возможной епископской хиротонии с Англиканской церковью, а также со шведскими церквями, но они не увенчались успехом. Тогда он пошел на еще более радикальный шаг. В 1924 г. духовенство и миряне Чехословацкой Церкви "посвятили" Карла Фарского в сан епископа и объявили его своим "патриархом". Епископ Горазд вышел из Чехословацкой Церкви и организовал независимую от нее православную общину в составе Сербской Церкви. В 1929 г. была создана автономная Чешская епархия. 
Святитель Горазд с необычайной энергией принялся за церковное строительство. На средства верующих строились в разных местах Чехословацкой республики храмы и часовни. Планировалось широкое строительство приходских домов, а также монастыря. Как талантливый музыкант владыка составил нотный сборник молитв и песнопений для народа. Им был написан Катехизис, ряд книг и статей на церковные темы. 
В 1920 г. из бывшей "Православной беседы" в Праге была создана Чешская православная община, которая пригласила к себе для совершения богослужений архимандрита Савватия (Врабеца, 1880-1959), этнического чеха, выпускника Уфимской Духовной Семинарии и Киевской Духовной Академии, в 1920 г. назначенного заместителем Волынского епископа и ректором Холмской Духовной Семинарии. В 1921 г. он приехал в Прагу. Сначала община признавала юрисдикцию Сербской Церкви, но в 1923 г. архимандрит Савватий отправился в Стамбул, где 4 марта Патриархом Константинопольским Мелетием (Метаксакисом) был рукоположен в сан епископа и назначен "Архиепископом Пражским и всея Чехословакии". Сербский Патриарх Димитрий отправил в Стамбул телеграмму, в которой сообщал, что на территории Чехословакии уже существуют приходы сербской юрисдикции. Он просил не рукополагать архимандрита Савватия, так как это может повредить делу православной проповеди в Чехословацкой республике. Но эта телеграмма была получена уже после совершения хиротонии. Появление в Чехословакии епископа еще одной юрисдикции не позволило объединить всех православных в единую церковную структуру. 
После окончания Первой мировой войны началось также активное движение за возвращение в лоно Православной Церкви в Подкарпатской Руси и Восточной Словакии. Это было сугубо народное движение, практически не нашедшее поддержки со стороны греко-католического духовенства. К началу 1920 г. православное движение захватило здесь уже около 50 тыс. человек, а к 1928 г. число православных достигло 112 тыс. человек. В 1929 г. Сербской Православной Церковью была создана Мукачевско-Прешовская епархия. В тридцатых годах Православная Церковь имела здесь уже более 100 приходов, на которых служило около 100 священников. Для управления епархией в 1920-30-е гг. в Восточную Словакию и Закарпатье направлялись архиереи из Сербии. Из них особо известен своей миссионерской деятельностью епископ Нишский Досифей (впоследствии митрополит Загребский). В 1930 г. на Подкарпатскую епархию был назначен епископ Иосиф, с которым в Чехословакию прибыл известный богослов отец Иустин (Попович), трудившийся здесь в течение двух лет. К 1938 г. здесь было построено 127 новых храмов и открыто несколько монастырей и скитов. 
В Восточной Словакии и Подкарпатской Руси существовали также приходы, подчинявшиеся архиепископу Савватию. В 1923 г. им был прислан сюда архимандрит Виталий (Максименко), выпускник Казанской Духовной Академии, состоявший до революции в братстве Почаевской Лавры и занимавшийся там издательской деятельностью. Во время военных и революционных потрясений о.Виталий сумел сохранить типографию, которую перевез сначала в Сербию, а оттуда в Словакию. Благодаря его миссионерской деятельности в Восточной Словакии было создано 26 православных приходов. 1 апреля 1928 г. собрание представителей этих общин, проходившее в Медзилаборцах, приняло решение о переходе в юрисдикцию Сербской Церкви. Главной заслугой о.Виталия является создание монастыря Преподобного Иова Почаевского в Ладомирове и открытие при нем типографии. Монастырский храм был построен в 1926 г. "Печатня Преподобного Иова Почаевского" выпустила в свет Служебник, Требник, уникальный Великий Сборник, Молитвослов и другие книги. В 1926 г. монастырь начал издавать журнал "Православная Карпатская Русь", переименованный вскоре в "Православную Русь", являющийся ныне печатным органом РПЦЗ. В 1934 г. архимандрит Виталий был рукоположен во епископа митрополитом Антонием (Храповицким) в Сремских Карловцах и отправлен в Северную Америку как архиепископ. Во время Второй мировой войны созданный им монастырь был разрушен (сохранился только храм). Братия же переселилась в обитель Святой Троицы в Джорданвиле (США, штат Нью-Йорк), куда была перевезена и типография.
В промежутке между двумя мировыми войнами на территории Чехословацкой республики существовали также православные приходы русских эмигрантов, подчинявшиеся митрополиту Евлогию (Георгиевскому, до 1931 г. в составе Московской Патриархии, в 1931-1945 гг. — экзарх русских приходов в Западной Европе в составе Константинопольского Патриархата, в 1945 г. воссоединился с Московской Патриархией), которыми управлял епископ Сергий (Королев). В это время русская диаспора в Чехословакии была весьма многочисленна. В Праге существовал целый ряд русских организаций и образовательных учреждений. Специально для русских профессоров и преподавателей было построено несколько жилых домов в пражском районе Дейвице. Для погребения русских эмигрантов было создано Успенское братство, тщанием которого на Ольшанском кладбище в Праге был воздвигнут храм в честь Успения Божией Матери, освященный в 1925 г. митрополитом Евлогием в сослужении епископов Михаила Шабацкого (Сербская Православная Церковь) и Сергия Пражского. К юрисдикции митрополита Евлогия также относились приходы в Брно, Братиславе, Карловых Варах, Франтишковых и Марианских Лазнях. Следует также отметить, что в 1923-1924 гг. в Подкарпатской Руси в юрисдикции архиепископа Савватия служил известный отечественный иерарх епископ (в последствии митрополит) Вениамин (Федченков). 
15 марта 1939 г. чешские земли были оккупированы фашистской Германией. Здесь был создан имперский протекторат в Чехии и на Моравии. Немецкие власти стремились всех православных, проживающих на территории протектората, подчинить Берлинскому архиепископу Серафиму (Ляде, 1883-1950), который состоял в юрисдикции Карловацкого Синода. 3 ноября 1939 г. было заключено соглашение о переходе приходов, управляемых епископом Сергием Пражским, в ведение архиепископа Берлинского. В 1941 г. епископ Горазд вел переговоры с архиепископом Серафимом, Министерством церковных дел в Берлине и Министерством просвещения и народного образования в Праге о юридическом положении его епархии в новых условиях. 4 марта 1942 г. было утверждено специальное дополнение к уставу Чешской Православной епархии. В нем говорилось, что до времени окончательного решения юрисдикционного вопроса епархия, не отказываясь от сербской юрисдикции, временно подчиняется архиепископу Берлинскому. 
27 мая 1942 г. группа чешских парашютистов, заброшенных из Великобритании, расстреляла генерала полиции обергруппенфюрера СС Рейнгарда Гейдриха. Священник пражского кафедрального собора святых Кирилла и Мефодия предоставил им убежище в крипте храма. Парашютисты пробыли здесь 22 дня, после чего место их нахождения было обнаружено гестапо. Епископ Горазд, священники кафедрального собора Вацлав Чикл и Владимир Петршик, а также староста храма Ян Сонневенд были взяты под стражу и 4 сентября 1942 г. расстреляны на военном стрельбище в Праге. 27 сентября того же года было запрещено существование Чешской Православной Церкви. Ее имущество конфисковано, храмы закрыты, духовенство подвергнуто арестам и заключениям, миряне отправлялись на принудительные работы в Германию. 
После захвата фашистскими войсками чешских земель на территории Словакии было провозглашено самостоятельное государство, находившееся в фактической зависимости от немецких властей. Закарпатье вошло в венгерскую зону оккупации. Мукачевский епископ Владимир (Раич) был взят под стражу венгерскими властями. Православные приходы Закарпатья и Словакии перешли в подчинение архиепископу Серафиму (Ляде). 
В мае 1945 г. Православная Церковь была восстановлена, а 28 сентября того же года казненные клирики Чешской Церкви были посмертно награждены крестом "In memoriam". Именем святителя Горазда названы площади и улицы в Праге, Оломоуце, Брно и других городах. В 1987 г. Чехословацкая Православная Церковь причислила епископа-мученика к лику святых. 
В 1945 г. остро встал вопрос о будущей юрисдикции православных приходов Чехословакии. Сербская Церковь, пережившая погром усташей, только начинала восстанавливать свою каноническую жизнь. Московская же Патриархия все больше привлекала к себе внимание со стороны местных православных общин. Этому способствовало то, что в октябре 1945 г. с ней воссоединился епископ Сергий (Королев) и подчинявшиеся ему эмигрантские приходы. Подкарпатская Русь вошла в состав СССР как Закарпатская область Украинской ССР. По соглашению Синодов Сербской и Русской Церквей Мукачевская епархия перешла в юрисдикцию Московской Патриархии. 8 ноября 1945 г. епархиальный съезд Чешской Православной епархии, состоявшийся в Оломоуце, принял решение начать переговоры о выходе из юрисдикции Сербской Патриархии и переходе в подчинение Русской Церкви. В мае 1946 г. в Прагу прибыл из Москвы архиепископ Елевферий (Воронцов), создавший на территории Чехословацкого государства Экзархат Московской Патриархии. Сербская Церковь в 1948 году официально заявила о своем согласии на переход автономной Чешской епархии в ведение Московского Патриарха. В 1946-1947 гг. в Чехословакию вернулись волынские чехи, которые также были православного вероисповедания. Их переселение было одной из причин численного роста православных общин. До 1949 г. Экзархат включал в себя две епархии — Чешско-Моравскую с центром в Праге и Восточно-Словацкую с центром в Прешове. В 1949 году не епархиальном собрании в Праге было решено разделить Чешско-Моравскую епархию на две: Пражскую и Оломоуцко-Брненскую (епископская кафедра в Оломоуце). 
В Восточной Словакии в среде униатов вновь участились случаи возврата в Православие. Этому способствовало уничтожение греко-католических церквей на Украине, в Закарпатье и Румынии. Однако этот естественный процесс был форсирован властями по политическим мотивам, что впоследствии создало серьезную церковную проблему, нерешенную и по ныне. 28 апреля 1950 г. в Прешове был созван собор греко-католического духовенства и верующих, который объявил об отмене Ужгородской унии 1646 г. и о воссоединении с Православной Церковью. Решения собора были утверждены Святейшим Патриархом Алексием I. В Восточной Словакии были созданы две епархии — Прешовская во главе с епископом Алексеем (Дехтяревым) и Михайловская во главе с епископом Александром (Михаличем). Таким образом, к середине 1950 г. Экзархат Московской Патриархии в Чехословакии включал в себя четыре епархии. 
2 октября 1951 года Экзарший Совет на своем заседании принял решение просить Русскую Православную Церковь о даровании Чехословацкой Церкви автокефалии. 19 октября было получено на это соглашение Государственного управления по церковным делам. 23 ноября 1951 г. в Москве Святейшим Патриархом Алексием I был подписан Акт о даровании автокефалии Чехословацкой Православной Церкви, Предстоятелем которой был избран митрополит Елевферий (Воронцов). Торжества по случаю провозглашения автокефалии состоялись 8-9 декабря 1951 г. в Праге. В торжественном богослужении и интронизации митрополита Елевферия, проходивших в кафедральном соборе святых Кирилла и Мефодия, приняли участие представители Антиохийской, Русской, Грузинской, Румынской, Болгарской и Польской Православных Церквей. Однако акт провозглашения автокефалии Чехословацкой Церкви не был признан Константинопольским Патриархатом, который продолжал считать ее автономной в своем подчинении. Архиепископ Савватий (Врабец) не вошел в юрисдикцию Московской Патриархии. Оставшись без храмов, он продолжал жить в Праге, имея незначительное число сторонников. Скончался в ноябре 1959 г. Его отпевание совершил митрополит Пражский Иоанн (Кухтин). Похоронен архиепископ Савватий на Ольшанском кладбище в Праге. 
13 июня 1968 года Греко-Католическая Церковь в Чехословакии была восстановлена. Это вызвало в Восточной Словакии процесс массового возвращения в унию, сопровождавшийся насильственными захватами храмов и церковных учреждений. 
После крушения коммунистической системы к концу 1992 г. стал очевидным скорый распад Чехословацкой Федеративной Республики на два независимых государства. В связи с этим Поместный Собор Чехословацкой Православной Церкви, проходивший 11-12 декабря в Прешове, высказался за сохранение единой автокефальной Церкви, распространяющей свою юрисдикцию на территорию двух независимых государств. Однако в соответствие с новой политической ситуацией было принято решение о перемене официального наименования Церкви. Отныне она стала называться Православной Церковью в Чешских землях и Словакии. Был принят новый Устав Церкви, по которому единый Митрополичий совет был разделен на два самостоятельных органа — Митрополичий совет Чешских земель в Праге и Митрополичий совет Словакии в Прешове. Предстоятелем Церкви отныне может быть избран как архиепископ Пражский, так и архиепископ Прешовский. Едиными для все Церкви остались Священный Синод и Поместный Собор. Прешовский Собор 1992 г. принял решение о канонизации моравского князя Ростислава, инициатора кирилло-мефодиевской миссии среди славян. Торжества по случаю канонизации проходили 29-30 октября 1994 г. в Прешове и Брно. 
1 января 1993 г. Чехословацкая Республика разделилась на два государства — Чехию и Словакию, на территорию которых распространяется каноническая власть единой Поместной Церкви. 
27 августа 1998 г. Константинопольским Патриархом Варфоломеем был издан "Патриарший и Синодальный Томос о даровании автокефалии святой Православной Церкви в Чешских землях и Словакии", который рассматривается современными чешскими канонистами как акт признания Константинополем автокефалии, полученной в 1951 г. от Русской Православной Церкви. 
Сегодня Православная Церковь Чешских земель и Словакии состоит из 4 епархий, которые объединяют 166 приходов с 184 храмами. По переписи 1991 г. на территории Чехии и Словакии проживало около 53 тыс. православных.